Desde que o jogo foi lançado após o Direct de setembro de 2023 da Nintendo, F-Zero 99 tem recebido um fluxo lento, mas gradual de atualizações com conteúdo adicional e várias correções de bugs. A maioria das atualizações foi anunciada anteriormente pela Nintendo, mas o jogo agora tem muito conteúdo que não tinha no lançamento.
Bem, não foi anunciado antecipadamente pela Nintendo, mas F-Zero 99 recebeu outra nova atualização esta noite. Depois de atualizar, o jogo deverá estar na versão 1.2.1. Dito isto, esta atualização não acrescenta muito. Na verdade, tudo o que a Nintendo diz é que “corrigiu um problema que ocasionalmente poderia fazer com que os jogadores saíssem da pista ao sair do Skyway na pista secreta legal em MUTE CITY I que ocasionalmente aparece no modo F-ZERO 99”.